21世纪新型肥料的重要方向之一是研究开发将作物营养与其他限制作物高产因素相结合的多功能肥料，它们的生产符合生态肥科学工艺的要求，其施肥技术将凝聚农学、土壤学、信息学等领域的相关技术。这些功能性肥料主要包括：具有改善水分利用率的肥料，高利用率的肥料，改善土壤结构的肥料，适应优良品种特性的肥料，改善作物抗倒伏性的肥料，具有防治杂草的肥料，以及具有抗病虫害功能的肥料等。

长期以来大家都注重施用氮、磷、钾三元素肥料，造成土壤长期板结、酸化、缺素症，有机物质下降等大量问题，已经靠哪一种单一功能性肥料解决不了，将来解决土壤健康的根本问题，只有改良土壤、补充中微元素、缓控释、植物体内调节等于一体的多功能肥料才能解决问题。

什么是多功能肥料呢？多功能肥料是指除氮、磷、钾功能以外，还具有其他三种以上功能性的肥料，（例：改善水利用率功能、缓控释功能、改良土壤功能等。）称为多功能肥料。